W czasach komunistycznej dyktatury Kościół katolicki był konsekwentnie zwalczany przez reżim. Represje wobec duchownych realizowano zarówno przy pomocy aparatu administracyjnego, serwilistycznych wobec władzy prokuratur i sądów, jak i za pośrednictwem komunistycznej policji politycznej. Badacze dziejów PRL z krakowskiego oddziału Instytutu Pamięci Narodowej prezentują nie tylko słynne historie – np. tzw. proces kurii krakowskiej czy akcje esbecji wymierzone przeciwko kardynałowi Karolowi Wojtyle – ale także szereg faktów nieznanych, a jeszcze dobitniej obrazujących zbrodniczość systemu komunistycznego. Przedstawiają księży, którzy stawili czoła komunistom i zapłacili za to wysoką cenę, ale także tych, których reżim zdołał złamać. Operacja: zniszczyć Kościół to zatem książka o skomplikowanych losach ludzkich, bohaterstwie i zdradzie. Autorzy pokazują także oprawców – szefów komunistycznej bezpieki i posłusznych wykonawców ich woli – którzy w wolnej Polsce na ogół uniknęli jakiejkolwiek kary za brutalne zwalczanie Kościoła.